Події гри відбуваються в 1191 році, коли третій хрестовий похід перетворився в особисту сварку предводителів християнського і мусульманського світів. Після захоплення порту Акра, Річард Левове Сердце готується завдати Саладіну остаточну поразку в Єрусалимі. Припинити криваву війну може тільки усунення всіх, кому вона вигідна. За ето завдання береться Альтаїр, тому що це єдиний шанс повернути втрачене положення в ієрархії братерства.